In dit seizoen blijkt dat ook Amanda tegen Percy is ingegaan en ze heeft Alex' zendertje uitgeschakeld door haar tijdelijk dood te maken. Amanda haalt Alex over om bij Division te blijven en dan krijgt ze in ruil info over de man die de dood van haar familie had besteld zodat ze eindelijk haar wraak kan nemen. Amanda zelf heeft Percy uitgeschakeld voor Oversight en heeft in ruil de leiding gekregen over Division terwijl Percy in een soort safehouse zit opgesloten. Dit is omdat ze Percy niet mogen doden; als dit gebeurt komt alle informatie over de missies vrij wat een ramp kan betekenen binnen Amerika. Birkhoff is ondertussen ook uit Division gestapt en werkt samen Nikita en Michael. Samen proberen ze nog steeds Division tegen te werken maar proberen ze zich ernaast ook meer bezig te houden met mensen te helpen die ze kennen.